ذلك وصل لخزانة المعهد مجاميع صغيرة من المخطوطات سواءً من مؤسسات وجهات علمية أو عن طريق الشراء من الافراد (١) .
تحتوي خزانة معهد الاستشراق على أكبر وأهم المخطوطات الحديثية في الخزائن الروسية، ويصل عدد المخطوطات الحديثية في تلك الخزانة إلى أربعمائة وستين مخطوطة (٤٦٠) ، وذلك حسب تصنيف فهرس المخطوطات العربية في المعهد الصادر عام١٩٨٦م، حيث تم تصنيف المخطوطات فيه على حسب موضوعاتها، بحيث يفرد كل موضوع بقسم يخصه، وقد تم تخصيص القسم الثالث في الفهرس للحديث.
المكتبة الوطنية في سانت بطرسبرج، المسماة مكتبة سالطيكوف شيدرين العامة، تلي خزانة معهد الاستشراق في الأهمية من حيث وجود المخطوطات، وحسب إحصاء أنس خالدوف في حينه "بلغ مجموع الرصيد زهاء (١٥٠٠) من المخطوطات والوثائق العربية"، وقد كانت المخطوطات تصل إليها من مصادر عدة منذ بداية القرن التاسع عشر الميلادي، ولم يكن في حوزة المكتبة عام ١٨١٣م إلا ثنتان وأربعون (٤٢) مخطوطة عربية (٢) . أعدّت المكتبة للنشر فهرساً لمخطوطاتها العربية،