المخطوطات العربية في المعهد، ويصل عدد المواد المعرّف بها إلى (١٠٨٢٢) مادة، وكل مادة أخذت رقماً مستقلاً، بغض النظر فيما إذا كانت نسخة مكررة أو جزءاً من مجموع أو مجلَّد. وقد تم تصنيف الفهرس حسب الموضوعات بدءاً بالقرآن الكريم ثم الدراسات القرآنية، ثم الحديث ... إلخ. والأصل في ترتيب المواد داخل كل عنوان حسب الترتيب الزمني، ويتم التعريف بالمخطوط من خلال إحدى عشرة معلومة، يأتي على رأسها عنوان المخطوط واسم مؤلفه واللذان يكتبان باللغة العربية.
وإضافة إلى الفهرس الموضوعي للمخطوطات العربية وطريقة ترتيب المواد فيه، والمعلومات التفصيلية المذكورة للمخطوطة، فقد اشتمل الفهرس على كشافات متنوعة، شملت قوائم بأسماء عناوين المؤلفات، وأسماء المؤلفين، وأسماء النساخ، وأماكن النسخ، وأسماء المتبرعين بالمخطوطات، وغير ذلك من كشافات مفيدة، مما أعطى ميزة لهذا الفهرس رغم اختصاره ليُعرِّف بشكل دقيق بالمخطوطات العربية في خزانة معهد الدراسات الشرقية. لقد تم إعداد وتأليف هذا الفهرس في السنوات ١٩٦٤ـ١٩٧١م، وقد كان تحرير هذا الفهرس في الأعوام ١٩٦٩ـ١٩٧١م (١) .
قسم الحديث من الفهرس يأتي في الصفحات ٦٦-٨٥ من الجزء الأول، ويشتمل على ٤٦٠ مخطوطة، تحت الأرقام التالية: (٦٩٩-