عدم شهود عثمان بدراً كان بأمر النبي ﷺ لمرض زوجته رقية، وأنه وعده: "إن لك أجر رجل ممن شهد بدراً وسهمه" (١) وأما فراره مع الفارين يوم أحد فقد عفا الله عنهم جميعاً (٢) , وأما تغيبه عن بيعة الرضوان فلأن النبي ﷺ أرسله من الحديبية إلي مكة رسولاً، ووقعت البيعة بسبب حجز قريش له, وضرب النبي ﷺ بيده وقال: "هذه لعثمان" (٣) وبذلك قطع ابن عمر على الخارجي سبيل التلبيس على الناس بأمور لا يعلمون حقيقتها.
ومن المحتمل أن المعارضة استغلت هذه القضايا في دعايتها ضد الخليفة وأنها استمرت تثيرها بعد مقتله ولكن ليس ثمة ما يقطع بذلك.
ومن القضايا التي أثيرت ضد الخليفة أنه أتمَّ الصلاة بمني أواخر خلافته خلافاً لسنة النبي ﷺ وعمل أبي بكر وعمر (٤) وكان عثمان يتأول ذلك ويري أن له حكم المقيم كذلك كانت عائشة ﵂ تتم الصلاة بمني (٥) بل إن عبد الله بن مسعود فعل ذلك وهو لا يراه صحيحاً - فقهياً - لأنه لم يشأ أن يخالف فعل عثمان - وهو الخليفة الشرعي (٦) وكان ابن عمر إذا صلي مع الإمام صلي أربعاً وإذا صلاها وحده صلي ركعتين (٧).