وانقطعت الخطبة من الجامع الأزهر لمّا استبدّ السّلطان صلاح الدّين يوسف بن أيّوب بالسّلطنة. فإنّه قلّد وظيفة القضاء لقاضي القضاة صدر الدّين عبد الملك بن درباس، فعمل بمقتضى مذهبه - وهو امتناع إقامة خطبتين للجمعة في بلد واحد، كما هو مذهب الإمام الشّافعيّ ﵀ فأبطل الخطبة من الجامع الأزهر، وأقرّ الخطبة/ بالجامع الحاكمي من أجل أنّه أوسع. فلم يزل الجامع الأزهر معطّلا من إقامة الخطبة (¬a) فيه مائة عام، من حين استولى السّلطان صلاح الدّين يوسف بن أيّوب، إلى أن أعيدت الخطبة في أيّام الملك الظّاهر بيبرس كما تقدّم ذكره (¬١).
ثم لمّا كانت الزّلزلة بديار مصر في ذي الحجّة سنة اثنتين وسبع مائة، سقط الجامع الأزهر والجامع الحاكمي وجامع مصر وغيره، فتقاسم أمراء الدّولة عمارة الجوامع؛ فتولّى الأمير ركن الدّين بيبرس الجاشنكير عمارة الجامع الحاكمي، وتولّى الأمير سلار عمارة الجامع الأزهر، وتولّى الأمير سيف الدّين بكتمر الجوكندار عمارة جامع الصّالح؛ فجدّدوا مبانيها، وأعادوا ما تهدّم منها (¬٢).
ثم جدّدت عمارة الجامع الأزهر على يد القاضي نجم الدّين محمد بن حسين بن عليّ الأسعردي، محتسب القاهرة، في سنة خمس وعشرين وسبع مائة.
ثم جدّدت عمارته في سنة إحدى وستين وسبع مائة عند ما سكن الأمير الطّواشي سعد الدّين بشير الجامدار النّاصري في دار الأمير فخر الدّين أبان الزّاهدي الصّالحي النّجمي، بخطّ الأبّارين بجوار الجامع الأزهر، بعد ما هدمها وعمّرها داره التي تعرف هناك إلى اليوم بدار بشير الجامدار.