الصعوبات التي واجهت الباحث:
١ - تداخل الموضوعات، فالسماء مثلاً تدخل في الآيات الكونية السماوية، وتدخل في الآيات الكونية المتعلقة بأشراط الساعة، والآيات الكونية المتعلقة بيوم القيامة.
٢ - كثرة الآيات القرآنية عن الآيات الكونية، فقد بلغت حسب عدّ الهيئة العالمية للإعجاز العلمي في القرآن والسنة بمكة المكرمة ١٩٣٥ آية (¬١).
٣ - كثرة الأحاديث النبوية عن الآيات الكونية، فقد بلغت حسب عدّ الهيئة العالمية للإعجاز العلمي في القرآن والسنة بمكة المكرمة ١٧٤٤ حديثا (¬٢).
٤ - طول الموضوع وخصوصاً في بعض الآيات الكونية، وعلى سبيل المثال فقد صدرت رسالة دكتوراه تتعلق بالسماء في القرآن الكريم فقط من إعداد: د. غالب محمد رجا الزعارير، وكذلك رسالة في الماء له أيضاً.
٥ - كثرة المؤلفات المعاصرة في الإعجاز العلمي مع عدم عنايتها بموضوع البحث.
٦ - كثرة المؤلفات في الإعجاز العلمي باللغات المختلفة مع عدم إجادة الباحث لها.