والأستاذ عزت عبد الكريم في كتابه "تاريخ التعليم في عهد محمد علي" يرى أن هناك احتمالين لإبعاد رفاعة إلى السودان:
أحدهما: سعي علي مبارك الذي عاد من أوربة ممتلئًا بالأطماع, والذي كان يحقد على رفاعة لما أصابه من مكانة وبلوغ شهرة.
والثاني: ما يحتمل أن يكون رفاعة قد لقيه من معارضة بعض المشايخ المتعصبين الذين ربما عدوه متطفلًا على مبادئهم في دراسة الشريعة والفقه.
هذه تكهنات يضرب فيها المؤرخون والباحثون, إلّا أنها لم تتكئ على وقائع ملموسة تكون أقرب إلى الجزم واليقين، وأنه وإن كانت هذه مجتمعةً, أو منفردةً, تصلح أسبابًا لنفي رفاعة, وتغير عباس عليه, إلّا أن رفاعة نفسه جَلَّى السبب وأزال إبهامه؛ فقد ذكر أنه سافر إلى السودان بسعي بعض الأمراء بضمير مستتر, بوسيلة نظارة مدرسة الخرطوم١.
وأنه, وإن لم يذكر أسماء السعادة, ولم يشرح السعاية التي قاموا بها, أشار إلى الوشاة والوشاية في قصيدته التي نظمها بالخرطوم, مستنجدًا بحسن باشا كتخدا مصر -ومما قاله في هذه القصيدة:
وما خلت العزيز يريد ذلي ... ولا يصغي لأخصام لداد
لديه سعوا بألسنة حداد ... فيكيف صغى لألسنة حداد؟
مهازيل الفضائل خادعوني ... وهل في حربهم يكبو جوادي؟
وزخرف قولهم إذ زخرفوا ... على تزييفه نادى المنادي
فهل من صبر في المعنى بصير ... صيحح الانتفاء والانتقاد؟
قياس مدارسي قالوا عقيم ... بمصر فما النتجية في بعادي؟