ليته اكتفى بنقل الكتب في التاريخ والاقتصاد والعلوم الحديثة ولكنه قد ظن أن الثقافة التي نقلها إلى لغة المسلمين ستولّد مشاكل في فهم الدين وتطبيقه (¬١)، فأراد أن يغير منهجية النظر في الدين، فوضع أصولًا وقواعد يبين فيها منهجه الجديد، وأبدا آراءًا تخالف عقيدة الإسلام الصحيحة، وهذا كان نتيجة معايشته لكتب الغربيين عامة وكتابات المستشرقين خاصة عندما نقلها إلى الأردية.
ولكن التحول الكبير الذي حصل له في منهجه العقدي بعد سفره إلى إنكلترا وهذا الفرق الواضح تجده عند تتبع كتبه قبل السفر وبعده.
يقول ألطاف حسين حالي ﵀ "عندما كتب سيد أحمد خان كتابه في السيرة النبوية "الخطبات الأحمدية" لم يصل به تحقيقه إلى التحرر من ضوابط الشرع مثل ما يبدو ذلك في منهجه عندما ألف تفسيره "تفسير القرآن وهو الهدى والفرقان" فلم نجد في الخطبات شيئا يعارض مع الأصول الثابتة المعروفة في الإسلام إلا في موضوع أو موضوعين (¬٢) قد خالف الجمهور، وهذا دأب عامة المحققين عندما اختلفوا في مئات من المسائل، فحمل السيد قصة المعراج على الرؤيا كما ذهب إليه بعض الصحابة (¬٣) وكذلك قصة شق الصدر ومركب البراق أدخلها في الرؤيا وسلك هذا المسلك في غيرها من المسائل (¬٤).