ومن أهم الإسهامات التي أسهم بها السيد في الطرق المنهجية منهج مقارنة الأديان، فقد ألف كتابه المشهور "تبيين الكلام في تفسير التوراة والإنجيل على ملة الإسلام" ١٨٦٢ م، ويرى الباحثون أنه قد بدأ الدراسة المقارنة بين الأديان سنة ١٨٥٧ م للاطلاع على عقيدة الحكام أولًا والرد على اتهامات المستشرقين والمنصرين ثانيًا، واختار لهذا الهدف طريق التفاهم والتعاطف، مع أنه حاول أن يتعلم اللغة العبرية ليفهم التوراة بلغتها الأصلية إلا أنه اعتمد كثيرًا على ترجمة فارسية للكتاب الذي يسمى المقدس (¬١).
وفي أثناء دراسته للإنجيل وصل إلى نتيجة: أن الوحي هو رضى الله ومشيئته، قد ينكشف على بعض الناس، وقد يكون هذا الإلهام إلهام نبوي وغير نبوي، وإذا كان الثاني فيدخل فيه إلهامات الحواريين إلا أن إلهامهم غير كامل وقد يكون كاذبًا أيضًا (¬٢).
ويرى أن الإنجيل فيه روايات غير إلهامية، قالها الحواريون، وأما القرآن فكله كلام الله الملهم المسند، فمن أراد دراسة الإنجيل فعليه أن يعرضه على كلام الله غير المتنازع (¬٣) وهو القرآن.
وقسَّم تعليمات التوراة إلى ثلاثة أقسام: قسم مفقود وقسم قد حذفه النصارى أو اليهود وقسم إلهامي حقيقي.
وقسَّم الإنجيل إلى قسمين: قسم إلهامي حقيقي وقسم حرفه الحواريون، قام بمنهج النقد التاريخي وقال بتأثير الامتداد الزمني بسبب كثرة مخطوطاتها وما فيها من الأخطاء ومسائل معضلة مرتبطة بالترجمات وهذه كلها تطرقت إلى التغيير في متن الإنجيل (¬٤).