وخلّف مهدي على آثارًا عديدة منها:
١ - آيات بينات (الآيات البينات) كتبه في تأييد المذهب السني وردًّا على المذهب الشيعي الاثنا عشري، فأثبت فيه بطلان المذهب الاثنا عشري بأدلة قاطعة من الكتاب والسنة والعقل (¬١).
٢ - مضامين تهذيب الأخلاق وهو عبارة عن موضوعات كتبها لمجلة "تهذيب الأخلاق"، قد جمعها ورتبها الشيخ ملك فضل الدين (¬٢).
٣ - وكتاب "تقليد وعمل بالحديث": ألفه تأييدًا في التمسك بالمنهج السني في العمل بالحديث الصحيح الثابت بعد التثبت والتحقيق.
٤ - كتاب "المحبة والشوق" كتبها في بداية أمره.
٥ - كتاب "مسلمانون كي تهذيب" (ثقافة المسلمين) (¬٣).
ومن أهم الموضوعات التي تكلم فيها مهدي علي:
١ - التعريف بالإسلام.
٢ - التفسير بالرأي.
٣ - والعمل بالحديث.
٤ - تطبيق المعقول بالمنقول.
٥ - تحريف ألفاظ المصطلحات العلمية.
٦ - حقيقة الإجماع.
٧ - المؤاكلة مع أهل الكتاب وطعامهم.
٨ - الدين والعلم الجديد- الطبيعة والفطرة والإسلام.
ومن خلال هذه الكتب والموضوعات يمكن تحديد منهجه.