اتهمه حسدته بتأسيس مذهب جديد في الدين، سموه (المذهب الجمالي) فقبضت عليه الحكومة (سنة ١٣١٣ هـ وسألته، فرد التهمة فأخلي سبيله، واعتذر إليه والي دمشق، فانقطع في منزله للتصنيف وإلقاء الدروس الخاصة والعامة، في التفسير وعلوم الشريعة الإسلامية والأدب.
ونشر بحوثا كثيرة في المجلات والصحف. اطلعت له على اثنين وسبعين مصنفا، منها (الائل التوحيد - ط) و (ديوان خطب - ط) و (الفتوى في الإسلام - ط) و (إرشاد الخلق إلى العمل بخبر البرق - ط) و (شرح لقطة العجلان - ط) و (نقد النصائح الكافية - ط) و (مذاهب الأعراب وفلاسفة الإسلام في الجن - ط) و (موعظة المؤمنين - ط) اختصر به إحياء علوم الدين للغزالي، و (شرف الأسباط - ط) و (تنبيه الطالب إلى معرفة الفرض والواجب - ط) و (جوامع الآداب في أخلاق الأنجاب - ط) و (إصلاح المساجد من البدع والعوائد - ط) و (تعطير المشام في مآثر دمشق الشام - خ) أربع مجلدات، و (قواعد التحديث من فنون مصطلح الحديث - ط) و (محاسن التأويل - ط) في ١٧ مجلدا في تفسير القرآن الكريم. ولابنه الأستاذ ظافر القاسمي، كتاب (جَمَال الدين القاسمِي وعصره - ط) (١) .