كثيرة بالعربية والعبرية، منها (دلالة لحائرين - ط) ثلاثة أجزاء، بالعربية والحروف العبرية، وهو كتاب فلسفته. قال ابن العبري: سماه بالدلالة، وبعضهم يستجيده وبعضهم يذمه ويسميه الضلالة. ترجم إلى اللاتينية وطبع بها أيضا، ونشر قسم منه بالحروف العربية، بعنوان (المقدمات الخمس والعشرون - ط) وله (الفصول - خ) بالعربية، في الطب، ويعرف بفصول القرطبي أو فصول موسى، ترجم إلى اللاتينية وطبع بها، و (شرح أسماء العقّار - ط) في العقاقير، و (تهذيب الاستكمال، لابن هود) في علم الرياضة، أصلحه وقرئ عليه. و (المقالة في تدبير الصحة الأفضلية - خ) كتبها للملك الأفضل صاحب دمشق، و (تلخيص كتاب حيلة البرء - خ) ورسالة في (البواسير - خ) و (مقالة في بيان الأعراض - خ) و (مقالة في الربو - خ) و (رسالة في الجماع - خ) و (مقالة تشتمل على فصول من كتاب الحيوان لأرسطو - خ) . ولإسرائيل ولفنسون، كتاب (موسى بن ميمون - ط) في سيرته وفلسفته.
وفي مخطوطات اللورنزيانة (٢٧٦ شرقي) نسخة من (الرسالة الفاضلية، في تدبير المنهوش) له، ألفها للقاضي الفاضل، أولها: (أمرني القاضي الفاضل ﵀ أن أعمل مقالة إلخ) ترجمت إلى اللاتينية وطبعت بها. وهي التي سماها ولفنسون (السموم والتحرز من الأدوية القتالة) كما في طبقات الأطباء (١) .