إن معلمة إخوان الصفا المذكورة أعلاه، والمتأثرة جدّا على ما يبدو بجابر، وفي وجوه مختلفة وإن كانت أوسع تطورا، إن هذه المعلمة توفر إمكانات كثيرة لدراسة الفروق بين مجموع جابر وبين منجزات القرنين اللاحقين. ومما ينبغي التأكيد عليه هنا أن الوحدة بينهما التى أبرزها كراوس (١)، لم يتح تحقيق جديد توثيقها. أما الفقرات الدينية الصرفة التى نادرا ما ترد فى كتب جابر (٢) فتتلاقى أحيانا مع بعض الأفكار الدينية فى الأوساط الشيعية في القرن الثاني/ الثامن دونما إبراز ميل من المؤلف، اللهم إلا تعاطفه مع معلمه جعفر.
هذا وقد أشار كراوس إلى أنه بالرغم من المعالم المشتركة فإن الفروق بينهما جديرة بالملاحظة (٣)، وقد نبه بين الحين والآخر الى بعض الفروق من ذلك على سبيل المثال عدد حروف الهجاء العربية التي تطرق إليها جابر فى نظريته فى الميزان، وهو ٢٨ أو ٢٩، بينما تحصره رسائل إخوان الصفا والكتاب الإسماعيلي القديم «أم الكتاب» يحصرانه ب ٣٠ حرفا على حسب تقدير لام ألف والهمزة (٤). فجابر يرى أن الكتابة العربية تؤدي إلى بعض الأخطاء «آن الأوان» لإصلاح جذرى فيها، أما «إخوان الصفا» فيرون أنها أسست من قبل عالم حاذق وبإيحاء من الله جل وعلا وأنه اكتمل تركيبها (٥). وأخيرا:
فقد عرف «إخوان الصفا» «كتاب أفلاطون» «طيماوس» وعرفوا نظريته في الأجسام الخمسة، في حين لا يمكن اكتشاف معرفة مباشرة لجابر بذلك (٦).