فأصدرت السلطة الفرنسية حكماً عليه بالإعدام غيابياً بتهمة تحريض المغاربة على الثورة، والانقلاب على المستعمر الفرنسي، وحجزت أملاكه في تونس - على قلتها -.
كتب "مشاهد برلين" (١) مذكراته عن تلك الحقبة، وهي مختصرة، ولم يعثر المحقق علي الرضا الحسيني على المذكرات الكاملة.
* الإمام في القاهرة:
المرحلة الثالثة في رحلة الإمام محمد الخضر حسين، وهي مرحلة الاستقرار من عام ١٩٢٠ - ١٩٥٨ م، وهذه المرحلة أطلق عليها العلامة محمد الفاضل بن عاشور "مرحلة المجد الثقافي والشهرة العلمية".
ارتقى فيها الإمام إلى أعلى مراتب العلمية:
- بدأها في عمله في التصحيح بدار الكتب المصرية.
- تشكيل الجمعيات الإسلامية والوطنية: جمعية الشبان المسلمين - جمعية الهداية الإسلامية - جمعية تعاون جاليات أفريقية الشمالية - جبهة الدفاع عن أفريقية الشمالية، وألقى المحاضرات القيمة فيها.
- تأسيس وإصدار وتحرير المجلات: "نور الإسلام" - "الهداية الإسلامية" - "لواء الإسلام".
- تصدِّيه وردوده المتعددة، ولا سيما على طه حسين، وعلي عبد الرازق، وغيرهما، وقد أكسبته الشهرة الواسعة.
- نشاطه اللغوي في (مجمع اللغة العربية).
- تدريسه في كليات (الجامع الأزهر).