وفي ذهنه برنامج إصلاحي كبير للنهضة الإسلامية التي يتطلع إليها العالم الإسلامي، لكنَّ رجال الحكم لم يتركوا الشيخ يعمل في هدوء، ووضعوا العراقيل في طريقه، وشعر الشيخ بضغوط تحُول بينه ويين ما يريد، أو تَطلب منه تنفيذ ما لا يرضيه، فتقدم باستقالته في (٢ من جمادى الأولى سنة ١٣٧٣ هـ = ٧ من يناير ١٩٥٤ م) قائلاً كلمته الشهيرة: "يكفيني كوب لبن وكسرة خبز، وعلى الدنيا بعدها العفاء".
ويذكر له: أنه حينما تولَّى مشيخة الأزهر، لم يغير شيئاً من عاداته، ولم يكن له في شهوات المنصب من حظ، وكان دائماً يحتفظ باستقالته في جيبه، ويقول: "إن الأزهر أمانة في عنقي، أسلمها -حين أسلِّمها- موفورة كاملة، وإذا لم يتأتَّ أن يحصل للأزهر مزيد من الازدهار على يدي، فلا أقل من ألا يحصل له نقص".
* مؤلفات الخضر حسين:
لم يخلف الشيخ "الخضر" وراعه من حطام الدنيا شيئاً، لكنه ترك ذكرى طيبة، وسيرة حسنة في ميادين السياسة والجهاد والقدوة الحسنة، وترك كنوزاً من الفكر شاهدة على عقله المبدع، وجهده الدؤوب، ومن هذه المؤلفات:
= رسائل الإصلاح.
= نقض كتاب "الإسلام وأصول الحكم".
= نقض كتاب "في الشعر الجاهلي".
= القياس في اللغة العربية.
= الخيال في الشعر العربي.
= آداب الحرب في الإسلام.