وفي القاهرة أسس الشيخ في عام ١٩٢٤ م (جمعية تعاون جاليات إفريقية الشمالية)، كما أسس في الأربعينيات (جمعية الدفاع عن إفريقية الشمالية)، رفقة الأمير سعيد الجزائري، والشيخ الفضيل الورتلاني، والأمير عبد الكريم الخطابي، وغيرهم.
واختير للتدريس في جامع الأزهر، ورأس (جمعية الهداية)، و"مجلتها"، وتولى رئاسة تحرير مجلة "نور الإسلام"، ونال عضوية هيئة كبار العلماء، كما عين عضواً في (مجمع اللغة العربية) عندما أسس المجمع في سنة ١٩٣٢ م، فقد "جمع بين التفقه في الدين واللغة والأدب" (١)، وكان أرقى ما تقلده من مناصب هو: مشيخة الأزهر، الذي عُين شيخاً له، من غير سعي منه، في أواخر عام ١٩٥٢ م، إلى أن تخلى عن إدارته بإرادته في جانفي ١٩٥٤ م، بعد أن "ضرب أكبر مثل للتاريخ بالإخلاص والتفاني في العمل لمصلحة الأزهر والإسلام" (٢)، وقد قال عندما وُلي رئاسة الأزهر الشريف: "وُليتُ أمر الأزهر، فإن لم يَزِد في عهدي، فلن ينقص منه شيء".
* معارك علمية:
إن أهم ما أبان عن مكانة الشيخ محمد الخضر العلمية، ولَفَت إليه الأنظار، وحاز بسببه الإعجاب والتقدير هو: رده العلمي، القوي الحجة، الساطع البرهان على كل من الشيخ علي عبد الرازق، والدكتور طه حسين.
فقد كتب الشيخ عبد الرازق في سنة ١٩٢٥ م كتاباً سماه: "الإسلام