سنة (١٣٣٤ هـ , ١٩١٦ م)، والتقى هناك بزعماء الحركات الإسلامية؛ من أمثال: عبد العزيز جاويش، وعبد الحميد سعيد، وأحمد فؤاد، ثم عاد إلى إستانبول، ومنها إلى دمشق؛ حيث عاد للتدريس بالمدرسة السلطانية، ودرّس لطلبته "مغني اللبيب عن كتب الأعاريب" لابن هشام النحوي المعروف، حتى إذا تعرضت الشام للاحتلال الفرنسي، اضطر الخضر الحسين إلى مغادرة دمشق، والتوجه صوب القاهرة.
* الاستقرار في القاهرة:
نزل محمد الخضر القاهرة سنة (١٣٣٩ هـ , ١٩٢٠ م)، واشتغل بالبحث وكتابة المقالات، ثم عمل محرراً بالقسم الأدبي بدار الكتب المصرية، واتصل بأعلام النهضة الإسلامية في مصر، وتوثقت علاقته بهم، ثم تجنّس المصرية، وتقدم لامتحان شهادة العالمية بالأزهر، وعُقدت له لجنة الامتحان برئاسة العلامة عبد المجيد اللبان، مع نخبة من علماء الأزهر الأفذاذ، وأبدى الطالب الشيخ من رسوخ القدم ما أدهش الممتحنين، وكانت اللجنة كلما تعمقت في الأسئلة، وجدت من الطالب عمقاً في الإجابة، وغزارة في العلم، وقوة في الحجة، فمنحته اللجنة شهادةَ العالمية، وبلغ من إعجاب رئيس اللجنة بالطالب العالم أن قال: "هذا بحر لا ساحل له، فكيف نقف معه في حِجاج؟! ".
* معاركه الفكرية:
شاءت الأقدار أن تُمتحن الحياة الفكرية بفتنة ضارية أثارها كتابا: "الإسلام وأصول الحكم" لعلي عبد الرازق، و "في الشعر الجاهلي" لطه حسين، وكان الشيخ محمد الخضر حسين واحداً ممن خاضوا هذه المعركة بالحجة القوية، والاستدلال الواضح، والعلم الغزير.