علمت من مصادر موثوق بها أن الشيخ لا يعتبر هذا المنصب غاية يصبو إليها. لذلك فمنذ توليه المنصب وهو يحتفظ في جيبه باستقالة محررة، ونسخة منها يحتفظ بها مدير مكتبه، وقد قال له -أي: لمدير مكتبه-: إذا أحسست بضعفي في موقف من المواقف، فقدم استقالتي نيابة عني ..
وفي عام ١٩٥٣ م عزلت فرنسا السلطان محمد الخامس الولي الشرعي للمغرب مستعينة بعملائها الخونة من المواطنين، فجمع الشيخ هيئة كبار العلماء، وأصدرت بياناً اعتبرت فيه هؤلاء المارقين العملاء خارجين على الإسلام، وأرسل البيان إلى الصحف، فلم تنشره، وفي الصباح أرسل البيان مرفقاً به استقالته إلى رئيس الجمهورية، وكان أن نشر البيان، وكان له أثره في الحركة الوطنية في المغرب ..
وبعد:
فهذا هو الشيخ محمد الخضر حسين، العالم، الزاهد، الجريء، الذي قدم إلى المكتبة العربية والإسلامية ثروة أدبية ولغوية وفقهية.