توفي في ١٢ فيفري ١٩٥٨ بالقاهرة، فخصه الطيب بن عيسى في جريدته "المشير" بسلسلة من المقالات تمجد ذكراه.
وإذا برز الشيخ الخضر بن الحسين على الصعيد العلمي والتعليمي والسياسي غير من بروزه على الصعيد الصحفي، وإذا لم ينل من مهنة المتاعب إلا المتاعب، فيكفيه فخراً أنه كان صاحب أول مجلة عربية في تاريخ الصحافة التونسية. وقد قامت الشركة التونسية للتثقيف والترفيه بجمع كامل أعداد مجلته "السعادة العظمى" في مجلد واحد، ونشرها سنة ١٩٨٧؛ حتى تكون في متناول جميع القراء.
* المراجع:
- محمد مواعدة: "محمد الخضر حسين: حياته: آثاره ١٨٧٣ - ١٨٥٨ م "، الدار التونسية للنشر، تونس ١٩٧٤ م، ٣٤٢ ص.
- جعفر ماجد: "الصحافة الأدبية في تونس" (بالفرنسية)، الجامعة التونسية ١٩٧٩ م، (ص ٣٠).
- مركز التوثيق القومي: ملف ب - ٢ - ٨١ (الحركة الوطنية).
- محمد الفاضل بن عاشور: "أركان النهضة الأدبية بتونس".
- الطيب بن عيسى: مقالات عن محمد الخضر بن الحسين في "جريدة الأسبوع" (في ٣ و ١٠ نوفمبر ١٩٥٢، وفي ٨ ديسمبر ١٩٥٢ م)، وفي مجلة "المشير" (في ١٧ فيفري و ٣ مارس و ١٤ أفريل و ١٩ ماي ١٩٥٨ م).