- "نقض كتاب في الشعر الجاهلي" (رد على الدكتور طه حسين) (١).
- "دراسات في العربية وتاريخها" (٢).
- "الشريعة الإسلامية صالحة لكل زمان ومكان" (٣).
- "مناهج الشرف".
- "طائفة القاديانية".
- "مدارك الشريعة الإسلامية".
د - الرسائل والبحوث:
- "الدعوة إلى الإصلاح" (محاضرات في إصلاح المجتمع).
- "الخيال في الشعر العربي".
- "القياس في اللغة العربية".
- "محمد رسول الله وخاتم النبيين".
وبدأ محمد الخضر بنظم الشعر وله اثنتا عشرة سنة. ثم نضج شعره. وله ديوان سماه: "خواطر الحياة"، تناول فيه أغراضاً شعرية متنوعة، أهمها: الإخوانيات، والرثاء، والوصف، والوجدانيات، والإسلاميات، إضافة إلى ما أهمه من قضايا وطنه الكبير.
ومن ذلك قوله بمناسبة احتلال الإيطاليين لليبيا:
ردوا إلى مجدنا الذكر الذي ذهبا ... يكفي مضاجعنا نوم دهى حقبا