تطالب الحكومة العثمانية بإعطاء اللغة العربية حقها من التعليم في المدارس الرسمية، فعين السيد محمد الخضر حسين مدرساً للغة العربية في المدرسة السلطانية بدمشق، وكانت سكة الحجاز الحديدية متصلة فيما بين دمشق والمدينة المنورة، فزار المسجد النبوي سنة ١٣٣١ هـ.
وله في هذه الزيارة قصيدة في "الديوان" (ص ١٠٦).
وفي هذه الفترة زار تونس، وفي "ديوانه" من ذكريات هذه الزيارة أبيات في (ص ١٢٦ و ١٣٤).
وذهب في هذه المدة إلى الآستانة، ولقي وزير حربيتها أنور باشا، واختير الشيخ محرراً عربياً في وزارة الحربية.
كان في هذه الحقبة قد عرف دخيلة الحال في الدولة، وأصيب بخيبة أمل بين ما كان يتصوره بعين الخيال، وبين ما رآه بعين الحقيقة، فنظم في سنة ١٣٣٢ هـ أبياتاً بعنوان: "بكاء على مسجد ضائع" تجدها في "ديوانه" (ص ٦١) ومنها:
أَدْمَى فُؤادي أَنْ أَرَى الـ ... أقلامَ تَرْسُفُ في قُيودِ
فَهَجَرْتُ قوماً كنتُ في ... أنظارِهم بيتَ القَصيدِ
وَحَسِبْتُ هذا الشرقَ لم ... يبرحْ على عهدِ الرشيدِ
فإذا المجالُ كأنه ... من ضِيقه خُلُقُ الوليدِ
وفي سنة ١٣٣٣ هـ أرسله أنور باشا إلى "برلين" بمهمة رسمية، فقضى في ألمانيا تسعة أشهر، اجتهد في خلالها أن يتعلم الألمانية، وفي "ديوانه" قطع كثيرة مما نظمه هناك.
ومن ذلك: أنه كان في قطار بضواحي برلين يرافقه مدير الأمور الشرقية