وجَدّ والده من جانب الأم هو الشيخ مصطفى بن عزوز، الذي رفض الاحتلال الفرنسي للجزائر، وأرشده شيخه علي بن عمر بالذهاب إلى تونس، وفعلًا هاجر إلى بلدة "نفطة" بالجريد، وأسس بها زاوية رحمانية كبرى، تحولت بمرور الزمن إلى ملجأ وملاذ لكل الفارين من الاستعمار الفرنسي، والمهاجرين الجزائريين طوال القرن التاسع عشر والعشرين.
وقد أفرد الأستاذ علي الرضا الحسيني لكل من زاوية "طولقة"، وزاوية "نفطة" كتاباً قيماً.
ووالده هو العلامة زين العابدين بن الحسين الذي ولد في تونس، وآثر مع كامل أسرته الفرار من الاستعمار الفرنسي، وكانت وجهتهم مدينة دمشق، عندما بدأت السلطات الفرنسية في ملاحقة أخيه الإمام محمد الخضر حسين، وحكمت عليه بالإعدام؛ لاشتغاله بالنضال الوطني، ودعوته المبكرة إلى تحرير أقطار المغرب العربي واستقلالها.
فاحتضنت سورية هذه العائلة، كما احتضنت عائلات جزائرية أخرى لعبت دوراً عظيماً ومؤثراً في التاريخ الحديث لسورية، وقاومت الاستعمار، وحررت الشعوب، وحافظت على الإسلام والعروبة في وجه الأعداء، وما الشيخ طاهر الجزائري إلا نموذج.
وفي سورية عمل الأستاذ زين العابدين في حقل التربية أربعين عاماً مدرساً للعلوم الإسلامية واللغوية في مختلف المدارس الرسمية، وكان يلقي الدروس الأسبوعية باستمرار طوال أيام حياته في مساجد دمشق، لا سيما في الجامع الأموي.