بـ "الخضر" الذي رفعه القرآن إلى درجة الأنبياء، ويحظى عند رجال التصوف بمكانة خاصة.
أما التحوير الثاني الذي حدث في صيغة الاسم، فبحذف لفظ "الابن"، وذلك عندما هاجر إلى المشرق العربي، واستقر بـ"دمشق، ثم القاهرة" مسايرةً لأسلوب المشارقة في التسمية؛ مثل: طه حسين ...
٦ - تلقى تعلمه الابتدائي "بنفطة" على يد خاله الشيخ محمد المكي ابن عزوز، وعلى مؤدبين وشيوخ من أبرز مؤدبي وشيوخ "نفطة" في ذلك العهد.
وتجدر الإشارة إلى أن مدينة "نفطة" التي كانت تسمى بالكوفة الصغرى (في كتب الرحالة العرب)، ومنطقة الجريد عامة: توزر، دقاش، كانت كلها زاخرة بالعلماء والأدباء والشعراء.
٧ - عندما بلغ محمد الخضر سن ١٣ من عمره انتقلت العائلة سنة (١٣٠٧ هـ / ١٨٨٦ م) إلى العاصمة تونس؛ لتمكينه وإخوته من مواصلة الدراسة بجامعة الزيتونة ... وكان خاله الشيخ محمد المكي بن عزوز مدرساً متطوعاً بالجامع الأعظم، وصاحبَ منزلة وتقدير لدى أبرز شيوخ هذه المؤسسة العلمية.
٨ - تخرج محمد الخضر حسين من جامع الزيتونة بنجاحه في شهادة التطويع سنة (١٣١٦ هـ / ١٨٩٨ م)، وكان لهذه المرحلة الزيتونية من حياته شديدُ التأثير في مساره العلمي والفكري والأدبي، أشاد به في عديد المناسبات. (انظر كتابه: "تونس وجامع الزيتونة")، وخاصة انبهاره وتعلقه بشيوخه الكبار: