الحميم الذي بقي يُكِنُّ له كامل التقدير والاعتراف بالجميل إلى آخر حياته، وهو العلامة أحمد تيمور.
وهذا الاعتراف هو الذي جعل الشيخ محمد الخضر حسين يوصي بدفنه في مقبرة آل تيمور بالقاهرة بجانب صديقه الوفي. وقد زرتُ شخصياً هذه المقبرة خلال زيارتي الأخيرة للقاهرة في جانفي الماضي ٢٠٠٨ م، حيث لاحظت قبر المرحوم علامتنا ضمن المبنى المخصص للعائلة، بل وفي مقدمة قبور أسرة تيمور، وبمبنى ضخم مكتوب عليه العديد من الآيات القرآنية، وفي أعلاه لوحة رخامية تُشيد بصاحب القبر، وبقيمته العلمية، وخاصة مشيخة الأزهر.
٤ - خلال السنوات الأولى من هذه المرحلة ساهم في تأسيس (جمعية تعاون جاليات إفريقيا الشمالية) التي تألفت من عدة شخصيات مغاربية؛ من تونس، والجزائر، والمغرب، وليبيا، وقد تحمل مسؤولية رئاستها. وكان هدفها: الرفع من مستوى هذه الجاليات مادياً واجتماعياً وثقافياً.
وتجدر الاشارة في هذا المجال إلى: أن اهتمام الشيخ الخضر حسين بالمغرب العربي وقضاياه قد استمر طيلة حياته، ومساعدته للزعماء المغاربة ولعلمائه تواصلت إلى آخر أيام حياته.
٥ - كانت له مساهمات هامة وفاعلة في المناظرات، بل الصراعات الفكرية والدينية والأدبية خلال هذه المرحلة المصرية، وأبرز هذه المساهمات:
أ - تأليفه كتاب "نقض كتاب الإسلام وأصول الحكم" للشيخ علي عبد الرازق، الصادر في أفريل ١٩٢٥ م، إثر صدور قرار إلغاء الخلافة في مارس ١٩٢٤ م.