رسمياً، وكان أستاذاً في كلية أصول الدين في قسم التخصص، يدرّس السياسة الشرعية لطلبة التخصص، و-أيضاً- في كلية الشريعة طلبة التخصص في السياسة الشرعية، وهذه لا يدرسها إلا فطاحل العلماء. لعدم ذكر الشيخ مصطفى المراغي، وابتعاد المجلة عن السياسة، اختلف في حاجتين: لأنه ما ذكر الشيخ المراغي في العدد الأول، وأنه كان صاحب فضل عليه في تثبيته رسمياً في الوظيفة عندما أصبح شيخاً للأزهر، و-أيضاً- لخلافه أن المجلة بعيدة عن السياسة.
وقد ردّ الشيخ الخضر على الشيخ رشيد رضا بمقال عنوانه: "للحقيقة والتاريخ"، وهو خطاب مفتوح نشر في مجلة "الهداية الإسلامية"، ثم يذكر ما قاله الشيخ رشيد رضا بخصوص مساعدة الشيخ المراغي للشيخ الخضر حسين بجعله مدرساً في قسم التخصص في كلية أصول الدين بعناية خاصة استثنائية، فيشير الشيخ الخضر إلى أن مجلس الأزهر قد ندبه بالتدريس قبل ولاية الشيخ المراغي بنحو سنة، عندما كان الأستاذ عبد الرحمن قرّاعة رئيساً لهذا المجلس.
* دخول الشيخ محمد الخضر حسين جماعة كبار العلماء:
أخذ عضوية هذه الجماعة، وحصل عليها بكتاب "القياس في اللغة العربيق"، وهي رسالة؛ لأن من شروط الانضمام إلى هذه الجماعة: أن يقدم العالم رسالة جديدة فيها كل جديد.
فقويل بالإجماع سنة ١٩٥٢ م. وعندما ناقشت اللجنة الشيخ، أجاب على الأسئلة باستفاضة ودقّة متناهية، ولذلك قال الشيخ اللبان -وهو رئيس الممتحنين- للجنة: هذا بحر لا ساحل له، فكيف نقف معه في حجاج؟!