وسنعتمد بدراسة الفكر التربوي للشيخ محمد الخضر حسين على المدونة التالية:
١ - "رسائل الإصلاح".
٢ - "الدعوة إلى الإصلاح".
٣ - "تونس وجامع الزيتونة".
٤ - "الرحلات".
٥ - مجلة "الهداية الاسلامية" الجزء ١٠ و ١١ من المجلد التاسع، والجزء الثاني من المجلد الثالث عشر.
٦ - مجلة "السعادة العظمى" العدد ٧.
للشيخ محمد الخضر حسين مجالان أساسيان في الإصلاح التربوي، وكلاهما يتبع المجال الديني، وهما: الإصلاح التربوي الأخلاقي، والإصلاح التربوي العقلي.
نقد الشيخ محمد الخضر حسين التعليم الديني على عهده تحت عنوان: (عيوب التعليم الديني الحاضر).
في نظر الشيخ الخضر، المثالبُ والنقائص التالية في التعليم على عهده بمصر: - وأكتفي بأن أقرأ عناوين هذه النقائص-
١ - ضآلة المحتوى في التعليم الديني.
٢ - عدم اعتبار المادة الإسلامية مادة أساسية.
٣ - سوء العناية بمادة القرآن الكريم.
٤ - عدم الاهتمام بالسيرة النبوية، وبالتاريخ الإسلامي.