مدرسة قائمة بذاتها "أبلغ ما كان فيها في الفقه وإتقانه على طريقة النظار العراقيين من البغداديين، وحذاق القرويين" (١)، "فانتصب بيرز للناس علماً تقنناً، على مناهج عجيبة، وفي صور بديعة، وأول ما لفت أنظار الناس إليه جمعة الغريب بين طريقتي العقل والنقل" (٢)، وقد كان لتلاحم هاتين الطريقتين وامتزاجها في التكوين العلمي للباجي أثره الواضح في منهجه: مناقشة، ومناظرة، وبحثاً، وتأليفاً.
أما المناقشة والمناظرة، فقد كان ميدان المناظرة في الفقه الإسلامي في الأندلس لا فارس فيه إلا ابن حزم الظاهري، وتصدى له الباجي بعد عودته مبدياً براعته في الجدل والمناظرة التي تمرس فيها على يد علماء العراق، وكانت النتيجة "فضيحة ابن حزم وخروجه عن ميورقة وقد كان رأس أهلها" (٣)، وبذلك " ... انقطع مذهب الظاهرية بتاتاً، ووضعت بعد ذلك الحرب المذهبية في الأندلس أوزارها" (٤).
شرح الباجي الموطأ في كتابه المنتقى، وهذا الشرح دليل حي على براعة الباجي في الدمج بين الطريقتين. "طريقة النظار من