وفي سنة ١٣٦٦ - ١٩٤٧ بعد أن أسندت رئاسة الجمعية الخلدونية للعلامة الراحل الشيخ محمد الفاضل ابن عاشور نجل الإمام الأكبر ولسان الدعوة الإصلاحية، اندفعت الخلدونية في سير حثيث ممهَّدة ومواكبة لكل مظاهر التطور في جامع الزيتونة الأعظم. وقدّر رئيس الجمعية الخلدونية الدور الذي يمكن أن تضطلع به هذه المؤسسة، فاتخذ من فصولها معهداً للتعليم الثانوي المعاصر تدرّس به كل المواد العلمية باللسان العربي، ويكون التخرّج منه بالحصول على شهادة الباكالوريا العربية (١). ومن خريجي المدرسة الخلدونية الحاصلين على هذه الشهادة تكونت ثلة من الأساتذة المساعدين للتعليم بالشعبة العصرية بالمعاهد الزيتونية، وكانت من خريجيها العناصر الأولى للإرساليات العلمية التي توزعّ أفرادها بين الجامعات الشرقية والغربية، كل حسب تخصصه ومؤهلاته، وما يرغب في التخصّص فيه من فروع العلم على اختلافها.
واتخذ رئيس الجمعية الخلدونية من القاعة الكبرى للجمعية مقرًّا لمعاهد ثلاثة هي: معهد البحوث الإسلامية، ومعهد الحقوق العربي، ومعهد الفلسفة. ولئن احتجب المعهدان الأخيران بسرعة لوجود المراكز العلمية المنافسة لهما؛ فإن معهد البحوث الإسلامية الذي تمّ تأسيسه في ربيع الأول ١٣٦٥/ يناير ١٩٤٦ قد عمل جاداً بمحاضراته الثلاث الأسبوعية على مدى خمس سنوات لتحقيق الغاية من تأسيسه التي تضمَّنها نظامه. وهي بعث الروح الثقافية الإسلامية، وقيادة