واستمر إلى أن قدم دمشق صحبة السلطان لملاقاة التتر في ٨/ ١٠/ ٧١٢ أي بعد غيبة في مصر دامت نحو سبع سنين، سُجِن ورُسِمَ عليه خلالها أربع مرات، استغرقت نحو سنتين ونصف، وكان أخواه معه حتى عاد إلى دمشق.
وحصل خلال إقامته هذه بمصر خير كثير، ونشر للعلم عظيم، وفيها كانت جملة كبيرة من مؤلفاته منها: «منهاج السنة النبوية» و «الإيمان» و «الاستقامة» و «تلبيس الجهمية» و «الفتاوى المصرية» وغيرها مما ذكره ابن رجب في ترجمته.
السَّجْنَة السادسة: بدمشق لمدة خمسة أشهر وثمانيةٍ وعشرين يومًا، من يوم الخميس ٧/ ١٢/ ٧٢٠ إلى يوم الاثنين ١٠/ ١/ ٧٢١ بسبب مسألة الحلف بالطلاق، وأنتجت هذه مجموعة كبيرة من الكتب والفتاوى والردود الحافلة، منها: «الرد الكبير على من اعترض عليه في مسألة الحلف بالطلاق».
السَّجْنَة السابعة: بدمشق لمدة عامين وثلاثة أشهر وأربعة عشر يومًا، ابتداء من يوم الاثنين ٦/ ٨/ ٧٢٦ إلى ليلة وفاته ــ رحمه الله تعالى ــ ليلة الاثنين ٢٠/ ١١/ ٧٢٨ بسبب مسألة الزيارة، وأنتجت تأليف كتابه: «الرد على الإخنائي».
وفيها حصل له من الفتوح الربانية بالعلم، والعبادة، ما يبهر العقول، وصدر منه من الكتب والرسائل والفتاوى العجب العجاب، مع أنه في آخر وقته مُنِعَ القلم والدواة والكتب والرقاق.