أما بالنسبة للمخطوط، فقد كدنا أول الأمر نيأس من الحصول عليها؛ لأن الأب أنستاس طبع ما طبع بلا مقدمة، أو تصدير فلم يشر للمخطوطة ولا لمكانها، وقد ذكر بروكلمان أن الكرملي كتب بحثًا عن هذا في صحيفة لغة العرب أغسطس سنة ١٩١٣م، ولكن هذا العدد ليس بين أصول الأعداد المحفوظة لهذه المجلة. ولحسن الحظ مرة أخرى عثرنا عليه مترجمًا في إحدى المحلات الألمانية١.
واستمر البحث بعد ذلك في قوائم المخطوطات العربية للمكتبات الشرقية، والأوربية ولم تجد أول الأمر أي إشارة للعين إلا في "كتالوج" مخطوطات برلين المطبوع سنة ١٨٩٣، فقد ذكر أنه توجد قطعتان من معجم مرتب حسب مخارج الحروف بلا اسم أو عنوان، واختار جامع الكتالوج أنهما من كتاب العين المنسوب للخليل. وقد حصلت على مايكروفيلم"٢ لهما وبدراستهما وجدت أنهما من الحكم.
وقد استمر الاتصال بعد ذلك بمراسلة الهيئات التي يعنيها الأمر، وقد كتبت الجامعة العربية رسالة تقول فيها: إن مكتبتها ليس فيها مخطوطة العين، وإنها لا تعرف موضعها كما يسرها أن تحصل على المخطوطة أو صورة منها عند العثور عليها.
واتجه الظن بطبيعة الحال إلى العراق موطن الخليل، فكان الأمل ضعيفًا أول الأمر لعدم وجود فهارس مطبوعة للمخطوطات هناك. ولكن خيوط البحث، والتنقيب ظلت ممتدة، حتى أمكن آخر الأمر بعد الاتصال بالسفارة العراقية في لندن أن تعثر على مكان المخطوطة، ورقمها في المتحف العراقي ببغداد٣.
وما هي إلا فترة وجيزة حتى ورد مايكروفيلم من هناك. وصورت منه نسخة.