لو كان المفهرس ثقة وصاحب خبرة في هذا المجال لوفر عليه من الوقت والجهد الكثير، ولما كان الأمر بهذه الأهمية؛ فإن الذي يقوم بفهرسة المخطوطات ينبغي أن يتصف بالنباهة والفطنة بالإضافة إلى سعة علمه واطلاعه، فقد يحدث أن يقع في يده مخطوط ما يحمل أكثر من عنوان، أو يحمل عنوانا مزورًا، أو اسم مؤلف ملفقًا، أو مخطوط لا عنوان له، أو يوجد بداخله أي نوع من أنواع الخلل، أو يلاحظ المفهرس أن هذا المخطوط يحتوي على حواشٍ كثيرة قد تكون رسائل في شرح المتن، أو تفسير للخطوط، وغير ذلك من المشكلات الكثيرة التي قد تصادفه حين الفهرسة للمخطوط.
ماذا يفعل الذي يقوم بهذه الفهرسة؟ هل يدون المعلومات التي أمامه وهو غير مقتنع بها، ويلقي العبء على المحقق، أم أنه يقوم بتحقيق ذلك كله يوثق العنوان، واسم المؤلف، والنسبة، ثم يقدم المخطوط إلى المحقق في حالة جيدة من التوثيق؟ عليه في الحقيقة أن يقوم بتحديد الموضوع، والمؤلف، والزمن، والعنوان، ويوثق ذلك بطرق علمية دقيقة بالإضافة إلى بقية المعلومات عن المخطوط، ثم ينتظر دور المحقق؛ فهو أقدر على فحص المادة العلمية التي بداخله، وتفسيرها، وتحليلها، والتعامل معها بأي شكل من الأشكال. فعمل المفهرس لا ينفصل عن عمل المحقق بأي حال من الأحوال، فهما معًا يؤديان رسالة واحدة هي خدمة التراث والتعريف به، فكل منهما يخدم الآخر ويكمله، ولكل منهما مجاله الذي يتقنه ويفيد فيه فائدة كبيرة.
هناك صعوبات كثيرة تواجه القائم على فهرسة المخطوطات وعرضها للباحث الراغب في تحقيقها، هذه الصعوبات لا تقل عن الصعوبات التي تواجه المحقق، من هذه الصعوبات: تعدد العناوين للمخطوطة الواحدة مثلًا، أو أسماء