وأخبره قيس بخبره، وما كان يعمل بمصر، فعرف علي أن قيساً كان يداري أمراً عظيماً من المكيدة التي قصر عنها رأي غيره، وأطاع علي قيساً في الأمر كله، وجعله على شرطة الخميس الذين كانوا يبايعون للموت. فكتب معاوية بن أبي سفيان إلى مروان بن الحكم، والأسود بن أبي البختري يتغيظ عليهما، وأنبهما أشد التأنيب وقال: أمددتما علياً بقيس بن سعد، برأيه ومكيدته؟ والله لو أمددتماه بمائة ألف مقاتل ما كان أغيظ لي بإخراج قيس بن سعد إليه! وكان قيس بن سعد لما قدم المدينة تآمر فيه الأسود بن أبي البختري، ومروان بن الحكم أن يبيتاه فيمن معهما، وبلغ ذلك قيساً، فقال: والله إن هذا لقبيح؛ أن أفارق علياً وإن عزلني، والله لألحقن به.
وكان قيس بن سعد بن عبادة مع علي بن أبي طالب في مقدمته، ومعه خمسة آلاف قد حلقوا رؤوسهم بعدما مات علي. فلما دخل الحسن في بيعة معاوية أبى قيس بن سعد أن يدخل، وقال لأصحابه: ما شئتم؟ إن شئتم جالدت بكم أبداً حتى يموت الأعجل، وإن شئتم أخذت لكم أماناً. فقالوا: خذ لنا. فأخذ لهم: أن لهم كذا وكذا، ولا يعاقبون بشيء، وأنا رجل منهم، وأبى أن يأخذ لنفسه خاصة شيئاً. فلما ارتحل نحو المدينة ومعه أصحابه جعل ينحر كل يوم جزوراً حتى بلغ صراراً.
عن سعيد بن عبد الرحمن بن حسان قال: دخل قيس بن سعد بن عبادة مع رهط من الأنصار على معاوية، فقال لهم معاوية: يا مشر الأنصار، بم تطلبون ما قبلي؟ فوالله لقد كنتم قليلاً معي كثيراً علي، ولفللتم حدي يوم صفين حتى رأيت المنايا تلظى في أسنتكم، ولهجوتموني بأشد من وخز الأشافي، حتى إذا أقام الله ما حاولتم ميله قلتم: ارع فينا وصية رسول الله ﷺ، هيهات، يأبى الحقين العذرة!