أولا: المنهج الاستقرائي:
ويكون بتتبع الموضوع واستقرائه في مظانه وجمع المعلومات المتعلقة به، سواء فيما ذكره رشيد رضا في تفسيره أو ما ذكره المخالفون له في كتبهم.
ثانيا: المنهج الاستدلالي:
ويكون بالتدليل على كل ما أطرحه من أفكار أو آراء بالنصوص الشرعية من الكتاب والسنة أو بأقوال أهل العلم الثقات.
ثالثا: المنهج التحليلي:
ويكون بتحليل ودراسة آراء رشيد رضا والأدلة التي استند عليها للرد عليها وبيان ما لها وما عليها.
متممات المنهج:
الحرص على الآتي:
١ - إثبات النصوص القرآنية مضبوطة بالشكل وبالرسم الإملائي الحديث مع بيان مواضعه في القرآن الكريم.
٢ - تخريج الأحاديث النبوية وفق أسس التخريج الفني المعمول بها في كليات الشريعة.
٣ - عزو الأقوال والآثار إلى مظانها في الكتب.
٤ - شرح المفردات الغريبة في البحث.
٥ - التعريف الموجز بالأعلام الذين يتم ذكرهم عدا المشهورين منهم.
٦ - التعريف بالفرق التي يتم ذكرها تعريفاً موجزاً.