منهجه في كتاب المسائل:
- لقد رتب الإمام إسحاق بن إبراهيم بن هانئ هذه المسائل على الأبواب الفقهية، ثم ضمنها أيضا بعض الأبواب المتعلقة بالعقائد، ثم ختمها بكتابي التاريخ والعلل.
- أنه في الغالب يوجه السؤال إلى الإمام أحمد بلفظ: "سألت أحمد" أو "سألته" أو يقول: "سُئل أحمد"، أو يقول: قيل لأحمد وهكذا.
- أحيانًا يحاور الإمام أحمد، ويعيد ذكر السؤال إذا صدر من غيره، وكان موافقًا لسؤاله (¬١).
- أنه يستدل أحيانا لبعض المسائل بأحاديث مرفوعة إلى النبي ﷺ يرويها عن الإمام أحمد.
- كان أحيانًا يعرض على الإمام أحمد حديثًا نبويًا من أجل معرفة درجته.
- أحيانًا يعرض عليه قول صحابي، أو تابعي للوقوف على رأيه فيه.
- نجد أنه التزم الاختصار في عرض الأسئلة، وكذلك في أجوبة الإمام.
- أن المسائل التي أوردها في كتابه كلها من أقوال الإمام أحمد، ولم يورد أقوال غيره من الأئمة الذين هم في عصر الإمام أحمد.