لاغترابه عن أسرته وأهله، وبعد عودته من السودان عين ناظرا لمدرسة الحربية بالقلعة ومعها نظارة قلم الترجمة والمحاسبة والهندسة والملكية والتفتيش والعمارة. ثم ألغيت المدرسة الحربية وقلم الترجمة وما معها وعين عضوا في قومسيون المدارس ووكل إليه الإشراف على صحيفة روضة المدارس التي أنشأها علي مبارك سنة ١٨٧٠، وكانت مجلة علمية أدبية اجتماعية.
وكان للطهطاوي فضل كبير في حركة الترجمة والنشر فقد كان رائدا لها. وبفضل جهوده أنشئت مدرسة الترجمة سنة ١٨٣٥م التي عرفت بمدرسة الألسن فيما بعد وصار ناظرا ومديرا لها.
وقد كتب الطهطاوي وترجم كثيرا وألف عدة كتب من أهمها:
تخليص الإبريز في أخبار باريز:
وهو كتاب مؤلف وصف فيه رحلته لباريس منذ مغادرته مصر حتى عودته إليها. وقد وصف فيه أحوال فرنسا وأخلاق أهلها وعاداتهم وعلومهم وفنونهم وأساليب حكمهم ومعيشتهم.
مناهج الألباب المصرية في مناهج الآداب العصرية:
وهي مجموعة دراسات في الآداب والأخلاق وقد وصف فيها مصر وحضارتها كما ضمت دراسات قيمة في الآداب من ثمار الكتب العربية والفرنسية ودراسات في الأخلاق والمواعظ.
المرشد الأمين في تربية البنات والبنين:
وهو كتاب ضمنه آراء في التربية والتعليم مما سنعرض له بالتفصيل فيما بعد. كما كان له الفضل في نشر العلوم والمعارف بحمل الحكومة على طبع طائفة من أمهات الكتب العربية على نفقتها مثل: تفسير الفخر الرازي ومعاهد التنصيص وخزانة الأدب ومقامات الحريري وغير ذلك.