جهوده العلمية والفكرية:
ومن أهم الآثار العلمية التي تركها الشيخ محمد عبده "شرح نهج الهمذاني" و"الإسلام والرد على منتقديه" وهي سلسة مقالات نشرها في صحيفة المؤيد سنة ١٩٠٠ و"رسالة التوحيد" و"فلسفة الاجتماع والتاريخ" و"تاريخ أسباب الثورة العربية" و"رسالة الرد على الدهريين" وقد ألفها بالفارسية السيد جمال الدين الأفغاني وترجمها الإمام محمد عبده إلى العربية بمساعدة "عارف أفندي أبو تواب" أحد أصدقائه من الأفغان. كما كتب بعض الفصول في كتاب "تحرير المرأة" لقاسم أمين. وللإمام أيضا رسالة نظام التربية والتعليم بمصر تناول فيها طرق التربية والتعليم كما ترجم عن الفرنسية كتاب "التربية" لهربرت سبنسر.