يروي الشيخ محمد أختر "صحيح البخاري" قراءة وإجازة عن شيخه عبد الغني البهولبوري، عن الشيخ ماجد علي الجونفوري، عن الشيخ رشيد أحمد الكنكوهي، عن الشيخ عبد الغني الدهلوي، عن أبيه وعن الشيخ محمد إسحاق، عن الشيخ عبد العزيز، عن أبيه الإمام ولي الله الدهلوي بأسانيده. ومنها روايتُه "صحيح البخاري" سماعا لجميعه عن الشيخ أبي طاهر محمد بن إبراهيم الكردي المدني، عن أبيه الملا إبراهيم، عن القشاشي، عن الشناوي، عن الشمس الرملي، عن زكريا الأنصاري، ويروي الملا إبراهيم عاليا عن النجم الغزي، عن أبيه البدر، عن الشيخ زكريا الأنصاري، عن الحافظ ابن حجر العسقلاني، سماعا عليه لكثير منه، وإجازة لسائره. قال: أخبرنا به جماعة منهم أبو إسحاق إبراهيم البعلي، قال: أخبرنا أبو العباس أحمد بن أبي طالب الحجّار، قال: أخبرنا الحسين بن المبارك الزَّبيدي، قال: أخبرنا أبو الوقت عبد الأول بن عيسى السجزي الهروي، قال: أخبرنا أبو الحسن عبد الرحمن بن محمد بن مظفر الداودي، قال: أخبرنا عبد الله بن أحمد بن حمويه الحموي السرخسي، قال: أخبرنا محمد بن يوسف الفربري، قال: أخبرنا الإمام الحافظ أبو عبد الله محمد بن إسماعيل البخاري، ﵀ وإياهم جميعا.
كما يروي "صحيح مسلم" قراءة وإجازة عن الشيخ محمد مسلم الجونفوري، عن الشيخ ماجد علي الجونفوري، وهو عن الشيخ رشيد أحمد الكنكوهي، عن الشيخ عبد الغني الدهلوي، عن أبيه وعن الشيخ محمد إسحاق، عن الشيخ عبد العزيز، عن أبيه الإمام ولي الله الدهلوي، قال: أخبرنا الشيخ أبو طاهر محمد بن إبراهيم الكوراني، عن أبيه محدّث الحجاز إبراهيم بن حسن الكوراني الشهرزوري، عن سلطان بن أحمد المزّاحي