وهكذا كان منهجه في كتب المنطق، وغيرها من العلوم المختلفة، ثم أصبح الشيخ بعد ذلك مشرفا على المرحلة الابتدائية بقسم الأدب العربي، وفي عام ١٣٥٠ هـ أصبح مشرفا على جميع أقسام اللغة العربية وآدابها.
ولم تمض السنة، حتى أختير عضوا لمجلس الشورى لدار العلوم "ديوبند" في عام ١٣٥١ هـ، وهكذا اشترك مع كبار علماء "الهند" في الإشراف على الشؤون الدينية كلّها في شبه القارة، واستمرّ في هذا المنصب الكبير إلى عام ١٣٥٣ هـ.
وهي أهمّ مرحلة خلال فترة التدريس للشيخ محمد إلياس ﵀، - وذلك حينما توفي أخوه الأكبر الشيخ محمد بن محمد إسماعيل في عام ١٣٣٤ هـ، كما توفّيت والدته في نفس العام.
وكان الشيخ محمد إلياس بن محمد إسماعيل ﵀ يدير مدرسة كاشف العلوم في قرية "نظام الدين"، التي أنشأها أبوه الشيخ محمد إسماعيل.
وبعد وفاة الأخ الأكبر أصرّ أهل البلدة والأقرباء المتصلون بهذه الأسرة الكريمة أن يتولّى الشيخ محمد إلياس تلك المسؤولية، حتى يسدّ الفجوة التي فغرتْ فاها بعد وفاة أبيه وأخيه وأمه، ولكن الشيخ يؤجّل الأمر، حتى يستأذن الشيخ خليل أحمد، فأذن له الشيخ بأخذ الإجازة المؤقّتة من مظاهر العلوم بـ "سهارنفور" لمدّة سنة واحدة، ويذهب إلى قرية "نظام الدين"، وإذا ما اعترضه عائق فليرجع إلى الجامعة.
وهكذا انتقل الشيخ محمد إلياس من مظاهر العلوم في "سهارنفور" إلى مدرسة كاشف العلوم، الواقعة في قرية "نظام الدين" بجوار مدينة "دهلي"، وأصبح مسؤولا عن كلّ شئون المدرسة بما فيها نظام المدرسة، ورياسة هيئة