وقال الإمام اللكنوي في ولادته: كتب بعض أجدادي، نقلا عن خطّ علاء الدين نبيره أن صاحب "الهداية" ولد عقيب صلاة العصر يوم الاثنين، الثامن من رجب، سنة إحدى عشر وخمسمائة، ووفّق لحجّ بيت الله وزيارة قبر الرسول في سنة أربع وأربعين وخمسمائة، وتوفي ليلة الثلاثاء، الرابع عشر من ذي الحجّة، سنة ثلاث وتسعين وخمسمائة. كذا في "كشف الظنون".
وقيل: سنة ستّ وتسعين وخمسمائة.
دفن في "سمرقند"، وقد نقل أن في "سمرقند" تربة المحمّدين، دفن فيها نحو من أربعمائة نفس، كلّ منهم يقال له: محمد، ولما مات صاحب "الهداية" منعوا دفنه بها، ودفن بقربها. كذا قال العلامة الشامي في "رد المحتار".
وقد صرف همته في تحصيل الدين والفقه في ريعان شبابه، فأخذ من جمّ غفير، وحصلت له الإجازة بالفقه، وبكتب الأحاديث من المحدّثين، ثم درّس، وأفتى، حتى مات، فخلف أولاده الثلاثة.
فمنهم: نظام الدين عمر بن علي الفرغاني، تفقّه على أبيه، وصار مرجوعا إليه في الفتاوى، وله "جواهر الفقه"، و"الفوائد".
ومنهم: محمد بن علي أبو الفتح جلال الدين الفرغاني، نشأ في حجر أبيه، وغذا بالعلم والأدب، وانتهت إليه رياسة المذهب في عصره، وهو أيضا تفقّه على أبيه، وأقرّ له بالفضل والتقدّم أهل عصره.
ومن أحفاد الإمام المرغيناني: أبو الفتح عبد الرحيم بن عماد الدين، مؤلّف "الفصول العمادية"، تفقّه على أبيه عماد الدين.
ومن أحفاده: عبد الأول بن برهان الدين علي بن عماد بن جلال الدين محمد بن زين الدين ابن عماد الدين بن علي المرغيناني. كان فقيها، محدّثا، مفسّرا، جامعا بين أشتات العلوم، تفقّه على السيّد جلال الدين الكرلاني، وروى عنه "الهداية"، معنعنا إلى جدّه الأعلى صاحب "الهداية"، أخذ عنه شمس الدين القريمي، وكتب له إجازة سنة أربعة عشر وثمانمائة.