ومنها: "مسند أبي حنيفة" المعروف بنسخة محمد.
كتاب الآثار:
ومنها: "كتاب الآثار"، يروى فيه أحاديث مرفوعة وموقوفة ومرسلة، ويكثر جدا عن إبراهيم النخعي شيخ الطريقة العراقية. ويروى فيه قليلا عن نحو عشرين شيخا سوى أبي حنيفة، وهو كتاب نافع للغاية. ولمشايخنا عناية خاصة بروايتها في أثباتهم. وهو الذى ألفه شيخه أبو حنيفة الإمام، رواه محمد عنه. وقد ألف الحافظ ابن حجر رحمه الله تعالى رسالة نافعة في رجاله باقتراح صاحبه قاسم بن قطلوبغا الحافظ، وسماه "الإيثار بمعرفة رواة الآثار"، ثم ألف هو أيضًا كتابا آخر في رجاله. ذكرها الحافظ في مقدمة "تعجيل المنفعة".
وذكر ابن النديم في "فهرسته" من مؤلفات الإمام محمد، "كتاب اجتهاد الرأى"، و"كتاب الاستحسان"، و"كتاب الخصال"، و"كتاب أصول الفقه" (¬١).
أسانيد كتب الإمام محمد:
ومما تجدر الإشارة إليه أن كتب الإمام محمد بن الحسن تتميز بكونها مروية بأسانيدها، فتذكر في غالب الأثبات والمعاجم على اختلاف القرون أسانيد كثيرة من كتب محمد بن الحسن. منها: "الآثار"، و"المسند"، و"الموطأ"، و"الأصول الستة" له.
وكان العلامة جمال الدين الحصيري تلميذ قاضي خان انفرد في عصره بروايتها سماعا بعلوّ عن الحسن بن منصور الأوزجندي، عن الظهير الحسن المرغيناني، عن عمه أبي القاسم محمد بن عبد العزيز، عن شمس الأئمة السرخسي بأسانيده المروية في الكتب الستة. وعن الحصيري يرويها الصدر