له مصنفات جليلة، منها: "فتاواه" في أربع مجلّدات، وكان الشيخ عبد الله بن طرفة الأنصاري الشافعي المكّي أستاذه، مدح تلميذه بقصيدة غراء فيها ما يدلّ أنه كان صديقيا:
قد كان جد أبيك بل ضريحه … من أوحد العُلماء والفضلاء.
أعني محمد طاهر من منجر الصديق حققه بغير مراء، والحق الحقيق الذي بالقبول يليق أن الشيخ محمد بن طاهر نفعنا الله ببركاته كان هندي النجار، صرّح بذلك في مبدء كتابه "تذكرة الموضوعات".
وكان ﵀ عزم على دفع المهدوية، وعهد أن لا يلوث على رأسه العمامة، حتى تموت تلك البدعة، التي عمّت بلاد "كجرات"، وكادت أن تستولى على جميع جهاتها، فلمّا فتح أكبر شاه التيموري بلاد "كجرات" سنة ثمانين وتسعمائة، واجتمع بالشيخ محمد بن طاهر عمّمه بيده، وقال له: على ذمَّتي نصرة الدين، كسر الفرقة المبتدعة، وفق إرادتك، ولي على "كجرات" مرزا عزيز الدين أخاه من الرضاعة، فأعان الشيخ، وأزال رسوم البدعة ما أمكن، فلمّا عزل مرزا عزيز وولي مكانه عبد الرحيم بن بيرم خان اعتضد به المهدوية، وخرجوا من الزوايا، فنزع الشيخ عمامته، وسافر إلى "آكره"، وتبعه جمع من المهدوية سرّا، وهجموا عليه في ناحية "أجين"، فقتلوه.
وله مصنّفات جليلة ممتعة، أشهرها وأحسنها: كتابه "مجمع بحار الأنوار في غرائب التنزيل ولطائف الأخبار" في مجلّدين كبيرين، جمع فيه كلّ غريب الحديث، وما ألف فيه، فجاء كالشرح للصحاح الستّة، وهو كتاب متّفق على قبوله بين أهل العلم منذ ظهر في الوجود، وله منّية عظيمة بذلك العمل على أهل العلم، ومنها: "تذكرة الموضوعات" في مجلّد كبير، ومنها "المغني في أسماء الرجال".