وَتُوفِّي السُّلْطَان مُحَمَّد خَان بعد اثْنَيْنِ وأربعين من وَفَاته، وَقَرَأَ السَّيِّد ولايت الحَدِيث على الْمولى الكوراني رَحمَه الله تَعَالَى، وَحج ثَلَاث مَرَّات وَآخر حجه وَقع فِي السّنة الثَّانِيَة من جُلُوس السُّلْطَان سليم خَان على سَرِير السلطنة.
وَتُوفِّي بِمَدِينَة "قسطنطينية" بِمَرَض الاسْتِسْقَاء، مرض أربعين يَوْمًا، وَفِي الْحَادِي والأربعين فِي أواسط محرم الْحَرَام سنة تسع وَعشْرين وَتِسْعمِائَة، وَصلى عَلَيْهِ عَلَاء الدين عَليّ الجمالي الْمُفْتِي، حضر جنَازَته جمع كثير من الْعلمَاء والصلحاء.
وَكَانَت جنَازَته مَشْهُورَة، وَدفن بِقرب من دَار تجاه مَسْجده فِي بَيت أوصى هُوَ أن يدْفن فِيهِ، وَكَانَ سنه ثَلَاثًا وَسبعين، وَتوفيت بعد وَفَاته زَوجته رَابِعَة بنت الشَّيْخ أحْمَد الْمَزْبُور، وَهِي مدفونة عِنْده.
ثمَّ وَلَده الشَّيْخ درويش مُحَمَّد الْقَائِم مقَامه فِي زاويته فِي غرَّة صفر من سنة اثْنَتَيْنِ وأربعين وَتِسْعمِائَة، وَهُوَ مدفون عِنْده أيضا.
حُكيَ أن السُّلْطَان بايزيد خان دَعَا ابْنه السُّلْطَان سليم خَان إلى مَدِينَة "قسطنطينية" ليجعله أميرا على الْعَسْكَر، فَطلب السُّلْطَان سليم خَان أن يسلم إليه السلطنة فِي حَيَاة وَالِده، وَتردد السُّلْطَان بايزيد خان فِي ذَلِك أَيَّامًا، ثمَّ انْشَرَحَ صَدره لذَلِك، وَسلم إليه السلطنة فِي أثناء ذَلِك التَّرَدُّد، والتجأ السُّلْطَان سليم خَان إلى مَشَايِخ الصُّوفِيَّة، وبشّروه بالسلطنة، وَلما طلب السَّيِّد ولايت الْمَزْبُور، وَلم يذهب إليه إلا بعد إبرام قوي، فَلَمَّا أتاه سَأَلهُ السُّلْطَان سليم خَان عَن حَال السلطنة.
فَقَالَ السَّيِّد ولايت: إنك ستصير سُلْطَانا، وَلَكِن لَيْسَ فِي عمرك امتداد، وَكَانَ كَمَا قَالَ، مَا دَامَ على السلطنة إلا ثَمَان سِنِين.