٦ - فرع التخصص في الحديث وعلومِه، يقبل فيه من نجح بتقدير ممتاز نجاحا باهرا في الاختبار النهائي من وفاق المدارس العربية، ويكلف الطالب أن يطالع في هذه الفترة كتب أسماء الرجال والمصطلح، والجرح والتعديل، ومشكلات الحديث وشروح الحديث، ويشرف عليهم عالم جليل متخصّص في هذا الموضوع، ويكتب الطالب مقالة في موضوع من إحدى مواضع الحديث حسب المنهج المقرّر لهم، ويتم ذلك في حولين، ثم يمنح شهادة التخصّص في الحديث لمن يفوز في الاختبار النهائي، وذلك بتقديم المقالة عدا اختبارات الفترات الأولى والثانية والنهائية، ويشرف على هذا الفرع من التخصّص فضيلة الشيخ المحدث محمد إدريس الميرتهي، حفظه الله، أستاذ الحديث والتفسير بالجامعة.
٧ - فرع التخصّص في الفقه الإسلامي، وهو على المنوال المذكور آنفا في تخصّص الحديث من مطالعة أمّهات كتب الفقه وأصوله، والتدريب على الإفتاء والقضاء، وكتابة مقالات في حلّ النوازل والحوادث، ويمنح الطالب الشهادة حسب مقالته، ويشرف عليه فضيلة الشيخ المحدّث المفتي ولي حسن خان التونكي، رئيس دار الإفتاء للجامعة وشيخ الحديث بها.
٨ - فرع التخصّص في الدعوة والإرشاد لمكافحة الفرق الباطلة الهدّامة، والدفاع عن الدين الحنيف، والملة البيضاء، والسنّة المحمدية، وطلاب هذا التخصّص يجتازون هذه المرحلة نحو طلاب التخصّص في الحديث والفقه، ومشرفه فضيلة الداعية الشيخ محمد إسحاق الصدّيقي، عضو مجلس الدعوة والتحقيق الإسلامي بـ "كراتشي" "باكستان".
هذا، وكان شيخنا ﵀، يودّ أن يفتح فروعا أخرى للتخصّصات من: التخصّص في علوم القرآن ومشكلاته، والتخصّص في علم الكلام