وقيل: ضجر ليلة، فدعا بعد أن فرغ من صلاة الليل، اللهم قد ضاقت عليّ الأرض بما رحبت، فاقبضني إليك، فمات عن غير ولد ذكر، ليلة عيد الفطر سنة ست وخمسين ومائتين، عن اثنتين وستين سنة.
وكانت ولادته يوم الجمعة بعد صلاة العصر في شهر شوّال سنة أربع وتسعين ومائة، ولما صلى عليه، ووضع في حفرته فاح من تراب قبره رائحة طيبة، كالمسك، وجعل الناس يختلفون إلى قبره مدة، يأخذون من قبره، ويتعجبون من ذلك.
قال بعضهم: رأيت النبي ﷺ ومعه جماعة من أصحابه، وهو واقف، فسلمت عليه، فرد عليَّ السلام، فقلت: ما وفوقك هنا يا رسول اللَّه، قال: أنتظر محمد بن إسماعيل، قال: فلماكان بعد أيام بلغني موته، فنظرت، فإذا هو قد مات في الساعة التي رأيت النبي ﷺ فيها، وبعد نحو سنتين من موته استسقى أهل "سمرقند" مرارا، فلم يسقوا، فقال بعض الصالحين لقاضيها: أرى أن يخرج بالناس إلى قبر البخاري، ونستسقي عنده، فعسى اللَّه أن يسقينا، ففعل.
وبكى الناس عند القبر، وتشفعوا بصاحبه، فأرسل اللَّه تعالى عليهم السماء بهاء غزير، أقام الناس من أجله نحو سبعة أيام، لا يستطيع أحد الوصول إلى "سمرقند" من كثرة المطر.
والثاني من الأئمة الستة: الإمام الكبير الحافظ المجوّد الحجِّة الصادق أبو الحسين مسلم بن الحجّاج مسلم بن ورد بن كوشاد القُشَيرى، بالتصغير نسبة إلى بني قشير، قبيلة من العرب، وهو نيسابوري، أحد أئمة علماء هذا الشأن.