ومن مصنّفاته في أصول الدين وأسرار الشريعة وغيرها:
" حجة الله البالغة" في علم أسرار الشريعة، ولم يتكلّم في هذا العلم أحد قبله على هذا الوجه، من تأصيل الأصول، وتفريع الفروع، وتمهيد المقدّمات، والمبادئ، واستنتاج المقاصد.
ومنها: "إزالة الخفاء عن خلافة الخلفاء" (¬١)، كتاب عديم النظير في بابه، لم يؤلّف مثله قبله ولا بعده، يدلّ على أن صاحبه لبحر زخّار، لا يرى له ساحل.
ومنها: "قرة العينين في تفضيل الشيخين" بالفارسية.
ومنها: "حسن العقيدة"، رسالة مختصرة له في العقائد بالعربية.
ومنها: "الإنصاف" في بيان أسباب الاختلاف بين الفقهاء والمجتهدين.
ومنها: "البدور البازغة" في الكلام.
ومنها: "عقد الجيد في أحكام الاجتهاد والتقليد".
ومنها: "المقدّمة السنية في انتصار الفرقة السنية".
ومن مصنّفاته في الحقائق والمعارف والسلوك وغيرها.
" المكتوب المدني والمرسل إلى إسماعيل بن عبد الله الرومي في حقائق التوحيد".
ومنها: "ألطاف القدس في لطائف النفس".
ومنها: "القول الجميل في بيان سواء السبيل" في سلوك الطرق الثلاثة المشهورة القادرية والجشتية والنقشبندية.