ثم نقل من "غازيبور" إلى "عليكرة" سنة ١٢٨١ هـ، فنقل معه ما كان للمجمع العلمي من الآلات والأدوات إلى "عليكره"، وجمع الناس عليه، وجع الإعانات له، وبنى بناء شامخا لإدارته، فنقل أكثر الكتب المفيدة إلى أردو من العربية والإنكليزية، وأنشأ من تلك الرابطة العلمية صحيفة أسبوعية لإصلاح أهل "الهند"، ونقل من "عليكره" إلى بلدة "بنارس" سنة ١٢٨٤ هـ، وصنّف كتابا في حلّة طعام أهل الكتاب والمؤاكلة معهم سنة ١٢٨٥ هـ، وسفر مع ولديه حامد ومحمود إلى جزائر بريطانية سنة ١٢٨٦، فأقام في العاصمة سنة وخمسة أشهر، زار في خلالها المراكز الثقافية والمجامع العلمية وبعض الجامعات الشهيرة والمصانع والمعامل الكبيرة، واطّلع على المشاريع التعليمية والفنية، ولقي الأساتذة الكبار، وأعيان الدولة، وقابل الملكة وكتوريا، واحتفت به الدوائر الرسمية، وصنّف بها "الخطبات الأحمدية" في السيرة النبوية، وشرح العقيدة الإسلامية، وردّ ما أورده السر وليم ميور على السيرة ومهاجمته للإسلام وصاحب رسالته، في كتابه الشهير "حياة محمد"، ورجع إلى "الهند" سنة ١٢٩٢ هـ، وأنشأ مجلّة "تهذيب الأخلاق".
وفشا أمره في الناس، فكفّره قوم من العلماء لأقاويل صدرتْ منه في المجلة، وتبعه الآخرون، وشرع في تصنيف تفسير القرآن، واحتضن المدرسة التي اسّسها المولوي سميع الله خان باتفاقه وتوجيهه للمسلمين بـ "عليكره"، أصبح بعده بمدّة الجامعة الإسلامية سنة ١٢٩٢ هـ، وسكن بتلك البلدة، وطلب من الحكومة أن يحال إلى المعاش، وأجيب إلى ذلك، فانتقل إلى "عليكره"، ووهب لهذه المدرسة (التي توسّعتْ بعد حياته، واشتهرتْ باسم جامعة عليكره الإسلامية ذكاءه ونفوذه ومواهبه كلّها،