وقد أشار الدكتور فهد الوهبي في كتابه"منهج الاستنباط من القرآن" إلى الفروق التالية (¬١):
١. من حيث التعريف اللغوي: فالتفسير معناه البيان والإيضاح والكشف، والاستنباط معناه الاستخراج بعد الخفاء.
٢. الفرق بينهما في التعريف الاصطلاحي: فلو كانا شيئاً واحداً لاتفقت تعريفاتهم عند العلماء، بينما الواقع هو الاختلاف والتباين في التعاريف.
٣. يشترط في الاستنباط الخفاء فيما يستنبط، بحيث لا يوجد ما يدل ظاهراً على ارتباط هذا المعنى بالآية قبل استنباطه. بخلاف التفسير فلا يشترط فيه ذلك.
٤. مرجع التفسير هو اللغة وكلام السلف، ومرجع الاستنباط هو التدبر والتأمل في الآيات، والتدبر يأتي بعد الفهم للآية.
٥. التفسير مختص بمعرفة المعاني، والاستنباط مختص باستخراج ما وراء المعاني من الفوائد والأحكام الخفية.
٦. الاستنباط يحتاج إلى جهد وقوة ذهن، بخلاف التفسير الذي هو بيان المعنى فقد يحتاج لذلك في حالة عدم وضوح المعنى أو اختيار أحد الأقوال المذكورة في الآية، وقد لا يحتاج.
٧. الاستنباط مستمر لا ينقطع، وأما التفسير للألفاظ فقد استقر وعلم.