القرآن الكريم في سنة واحدة (¬١) وواصل دراسته حتى تخرج من القسم العالي سنة ١٣٥٨، وهو ابن عشرين سنة.
ورأى عمه السيد أحمد أن ابن أخيه حبيب هو خير من يخلفه في إدارة المدرسة ورعايتها فأنابه عنه في إدارة المدرسة وأكَّد هذه الإنابة بصك شرعي منحه فيه التصرف المطلق في أمورها بما يراه مناسبًا لإدارتها واستمرارها فتولى إدارة المدرسة بعد وفاة مؤسسها، فأتم العمارة التي بدأها المؤسس، وعمل على تطوير الأقسام الصناعية بها بتزويدها بالآلات الحديثة، وحينما أزيل مبنى المدرسة وأدخل في توسعة الحرم النبوي الشريف، أقدم على شراء أرض قريبة من المسجد وشيد فيها المبنى الجديد للمدرسة وهو من أجمل المباني في المدينة المنورة، التي أصبحت تسير في برامجها حسب منهج وزارة المعارف، ولا تزال المدرسة تمارس مهمتها العظيمة في البلدة المقدسة وقد بلغ تعداد طلابها سنة ١٤١٥ هـ ألفًا وثلاثمائة طالب (¬٢).
رحم الله السيد أحمد الفيض آبادي وجزاه خير الجزاء بما بذل من جهد في نشر العلم في مدينة الرسول صلوات الله وسلامه عليه، ووفق الله السيد حبيب لإكمال العمل العظيم الذي بدأه المؤسس والذي يقوم عليه من بعده خير قيام.