دخلوا على عثمان فوجدوه مقتولا، فاسترجعوا وقال علي لابنيه: كيف قتل أمير المؤمنين وأنتما على الباب? ورفع يده فلطم الحسن وضرب صدر الحسين، وشتم محمد بن طلحة، ولعن عبد الله بن الزبير، وخرج علي وهو غضبان فلقيه طلحة فقال: ما لك يا أبا الحسن ضربت الحسن والحسين؟ وكان يرى أنه أعان على قتل عثمان فقال: عليك كذا وكذا رجلا من أصحاب رسول الله ﷺ بدريا لم تقم عليه بينة ولا حجة، فقال طلحة: لو دفع مروان لم يقتل، فقال علي: لو أخرج إليكم مروان لقتل قبل أن تثبت عليه حكومة, وخرج فأتى منزله وجاء الناس كلهم إلى علي ليبايعوه فقال لهم: ليس هذا إليكم إنما هو إلى أهل بدر، فمن رضي به أهل بدر فهو الخليفة، فلم يبق أحد من أهل بدر إلا قال: ما نرى أحق لها منك؛ فلما رأى علي ذلك جاء المسجد فصعد المنبر، وكان أول من صعد إليه، وبايعه طلحة والزبير وسعد وأصحاب محمد ﷺ وطلب مروان فهرب، وطلب نفرا من ولد مروان وبني أبي معيط فهربوا. خرجه ابن السمان في كتاب الموافقة.
ذكر ما قال لهم, حين بلغه توعدهم له بالقتل:
عن أبي أمامة بن سهل قال: كنا مع عثمان وهو محصور في الدار فقال: إنهم يتوعدونني بالقتل قال: قلنا: يكفيكهم الله يا أمير المؤمنين، قال: وبم يقتلونني? سمعت رسول الله ﷺ يقول: "لا يحل دم امرئ مسلم إلا بإحدى ثلاث: رجل كفر بعد إسلامه، أو زنى بعد إحصانه، أو قتل نفسًا فيقتل بها" فوالله ما أحببت بديني بدلا منذ هداني الله، ولا زنيت في جاهلية ولا إسلام قط، ولا قتلت نفسًا فبم يقتلونني؟! خرجه أحمد.
وعن إبراهيم بن سعد عن أبيه قال عثمان: إن وجدتم في كتاب الله أن تضعوا رجلي في القيد فضعوها. خرجه أحمد.