في صراع كاد يمزقه، وقد أثار عليه هذا الكتاب بعض ذوي الغيرة الإسلامية فحاربوه حتى قام الزهر بواجبه؛ فصودرت نسخ الكتاب وقدم المؤلف إلى محكمة أمن الدولة ودافع محامي المؤلف عنه؛ فأعلن أن هذا الكتاب يسجل بداية متصوف لا تهجمات ملحد - ولسبب مجهول كان أعضاء المحكمة من أهل التصوف - فحكموا بمصادرة الكتاب والكف عن ملاحقة مؤلفه.
وبعد سكون الزوبعة رجع المؤلف إلى نفسه يحاكمها ويحاكم كتابه وانتهى إلى أنه عمل متهور لا يرضى عنه قلبه ولا عقله، وكانت هذه المحاكمة بداية لمرحلة جادة في طلب الحقيقة واستحكمت صلته بالقرآن وشرع بالاتصال بأئمة المفسرين، وكان أعمقهم تأثيرا سيد قطب في ظلال القرآن وابن كثير في تفسيره.
وأعلن الدكتور رفضه لكتابين من كتبه أولهما "الله والإنسان" الذي صودر، ولن يطبع ثانية، وثانيهما "إبليس"؛ إذ أعلن أنه لا يسمح بإعادة طبعه، وكل طبعة له ظهرت بعد الأولى فمن غارات السارقين في بيروت.
وخص كتابه "لغز الموت" بالذكر واعتبره مدخله إلى الإيمان، وقد كتبه في عام ١٩٥٨-١٩٥٩، ثم المستحيل الذي صدر سنة ١٩٦٠م١.
وله عدد من المؤلفات يذكرها عادة مع تواريخ صدورها في آخر كل كتاب له، ومن هذه المؤلفات غير ما ذكرنا:
١- لغز الحياة "دراسة كتبت سنة ١٩٦٧م".
٢- آينشتين والنسبية "دراسة كتبت عام ١٩٦١م".
٣- رحلتي من الشك إلى الإيمان "دراسة كتبت عام ١٩٧٠م".
٤- الطريق إلى الكعبة "رحلة حج كتبت عام ١٩٧١".
٥- الله "دراسة كتبت عام ١٩٧٢م".