وفي أنها هل أشير إليها في التوراة والإنجيل أم لا؟ فبعد الأسئلة والأجوبة حكموا أنه لا يوجد لها ذكر فيها أصلًا لا صريحًا ولا إشارة، ثم خصوه بالسؤال: هل أشير إليها في القرآن الشريف أم صرح بذكرها؟ وإن لم يشر إليها فكيف قال تعالى: ﴿مَا فَرَّطْنَا فِي الْكِتَابِ مِنْ شَيْءٍ﴾ ١؟ وإن أشير إليها فيه ففي أي موضع؟ فتصدر للجواب، وتلطف في الخطاب، وتصفح ألوفًا من مسائل الفصحاء، وتتبع كلام العلماء وطلبه من كتب التفسير والطب، ثم ازدادت همته بعد وقوفه على حقيقة تكون الحجر المشار إليه؛ فبيَّن كيفية تكوُّن الحيوانات والنباتات والأجرام السماوية والأرضية والجواهر المعدنية.
ثم وضح خطته فقال: "وأبرزت ذلك في ثلاثة ابواب كأنها بساتين أزهار أو حدائق معارف تفجرت منها الأنهار".
إلى أن قال: "وتشاورت مع أرباب المعارف وأهل الإشارات فانحط الرأي على أن من اللازم لما قصدته من بيان كيفية التكونات التي ذكرتها تأليف كتاب يشتمل على شرح الآيات القرآنية المتعلقة بذلك شرحًا يكشف معناها وحقيقتها؛ فاستنهضت جواد الفكر كرًّا وفرًّا، وغصت في ميادين تفسير الآيات مؤملًا ظفرًا ونصرًا، وشجعني على ذلك صدق النية فيما هممت، وخلوص الطوية فيما عرضت؛ فجمعت من كتب التفسير والطب ما تفرق، ومن شتات المسائل ما تمزق، وسلكت في هذا المختصر جزالة الألفاظ مع تمام المعاني".
إلى أن قال: "ورتبته على مقدمة في الأحجار الفحمية وثلاثة أبواب في الحيوانات والنباتات والأجرام الأرضية والسماوية، وكل باب منها مشتمل على مسائل ومباحث وخاتمة"٢.
وإذا ما نظرت أجزاء الكتاب الثلاثة وجدتها قد تقاسمت الأبواب الثلاثة؛ فتحدث في الجزء الأول: الباب الأول: في كيفية تكون الحيوانات وما يتعلق بذلك.
وأورد في الجزء الثاني: الباب الثاني: في كيفية خلق السماوات والأرض.